各挖泥船公司研制了不同类型的挖泥船投入使用，在工程中较为常见的挖泥船可分为机械式和水力式两大类。

机械式挖泥船主要运用挖掘机具进行水下挖掘，利用机具本身进行垂向提升以达到工程目的，主要包括抓斗挖泥船、铲斗挖泥船和链斗挖泥船等；水力式挖泥船则利用机械旋转切割水下土层，将泥沙与水混合形成一定浓度的泥浆，通过输泥管道输送上岸，包括吸扬式挖泥船、绞吸式挖泥船和耙吸式挖泥船等，在选用挖泥船的时候，要看工程的性质以及施工区气象、水文、地理环境等条件。

在风浪大又无掩护的滨海和河口地区，宜选用自航式耙吸挖泥船；结合吹填的常采用带输泥管线的绞吸挖泥船；水底为硬土的用铲斗挖泥船；作业面小的情况下，例如在港口的码头前沿，宜用抓斗挖泥船。挖泥船作业时，要避免妨碍运输船舶航行，注意安全操作和设施的齐备。在现场要标定挖槽的准确位置，布设水位讯号、挖泥和卸泥区标志，经常进行水深测量，以提高挖泥船的安全性。